Untuk para lulusan PKN STAN yang ditempatkan pada Kementerian Keuangan biasanya akan disalurkan ke beberapa eselon I Kementerian Keuangan dimana tiap-tiap eselon I akan menyediakan gaji yang berbeda-beda. Gaji tertinggi bagi lulusan PKN STAN adalah bila ditempatkan di Direktorat Jenderal Bea dan Cukai Kementerian Keuangan. Yang membedakan gaji para lulusan STAN yang ditempatkan di Bea dan Cukai dengan yang ditempatkan instansi lain ialah besarnya tunjangan kinerja, Insentif Pajak, TKT dan tambahan penghasilan lain. Memang besaran gaji pokok semua pegawai negeri dimana saja ia ditempatkan adalah sama menurut pangkat, golongan serta masa kerja. Bedanya dengan gaji pegawai Bea Cukai lulusan STAN ialah berbagai tunjangan yang diperolehnya. Penghasilan tambahan itu diantaranya Uang Harian Khusus Pegawai Bea Cukai, insentif cukai, premi serta uang operasi patroli. Jumlah uang TKT bagi pegawai Bea Cukai pun terhitung cukup besar.
Untuk lulusan D1 PKN STAN akan dimasukkan dalam pegawai negeri golongan II-A, sementara untuk lulusan D3-nya dimasukkan dalam pegawai negeri golongan II-C. Kenaikan pangkat dari golongan II-A ke golongan II-B dan selanjutnya adalah tiap 4 tahun sekali. Namun tahap itu mungkin saja kenaikan pangkatnya bisa dipercepat sesuai kesetaraan pangkat. Hal tersebut bisa ditempuh dengan mengambil pendidikan lanjutan di luar jam kerja. Kecuali itu bila lulusan STAN menduduki jabatan fungsional pegawai maka akan lebih cepat naik pangkat dibanding mereka yang hanya menduduki jabatan struktural.
Gaji pokok untuk lulusan STAN yang masuk sebagai pegawai golongan II-A dengan masa kerja 0 tahun yakni Rp.1,5 juta. Sementara gaji pegawai bea cukai lulusan STAN untuk D1 akan memperoleh tunjangan kurang lebih Rp.2,6 juta. Ini hanya selisih dengan lulusan D3 STAN kurang lebih Rp.800 ribu dengan sama-sama lulusan Fresh Graduate. Total Take Home Pay dari gaji pegawai Bea Cukai lulusan STAN ini bisa mencapai Rp.7 jutaan.